عنوان

همسانه سازی و ترادف یابی بخشی از ژنوم جدایه های ردیابی شده ویروس موزاییک گوجه فرنگی از استان آذربایجان شرقی

‭۱۲۵۲۹پ‬

per

همسانه سازی و ترادف یابی بخشی از ژنوم جدایه های ردیابی شده ویروس موزاییک گوجه فرنگی از استان آذربایجان شرقی

/لقمان آرژه

: دانشکده کشاورزی

‮‭۸۵‬ص‬

چاپی

کارشناسی ارشد

در رشته بیماری شناسی گیاهی

‮‭۱۳۹۲/۰۶/۱۹‬

تبریز

گوجه‌صفرنگی از لحاظ اقتصادی یکی از مهم‌صترین محصولات سبزی و صیفی در جهان می‌صباشد .کشت گوجه‌صفرنگی در ایران از اهمیت خاصی برخوردار می‌صباشد و در سالهای اخیر سطح کشت این محصول رشد فزآینده‌صای داشته است .بیماری‌صهای ویروسی بعنوان یکی از مهم‌صترین مشکلات موثر در کشت گوجه‌صفرنگی در اکثر مناطق کاشت و برداشت این محصول مطرح می‌صباشند .مهم‌صترین ویروس‌صهای بیمای‌صزا در گوجه‌صفرنگی شامل :ویروس پژمردگی لکه‌صدار گوجه‌صفرنگی‮‭(TSWV)‬، ویروس موزاییک گوجه‌صفرنگی‮‭(ToMV)‬، ویروس وای سیب‌ص‍ زمینی‮‭(PVY)‬، ویروس ایکس سیب‌ص‍ زمینی‮‭(PVX)‬، ویروس موزاییک خیار ‮‭(CMV)‬و ویروس موزاییک آرابیس ‮‭(ArMV)‬می باشد .ویروس موزاییک گوجه‌صفرنگی ‮‭(ToMV)Tomato mosaic virus‬ عضو جنس ‮‭Tobamovirus‬ از خانواده‌صی ‮‭Virgaviridae‬ بوده و یکی از ویروس‌صهای شایع و مهم گوجه‌صفرنگی در اکثر مناطق سبزیکاری دنیا می‌صباشد که باعث کاهش کمی)تا بیش از ‮‭۵۰‬ درصد (و کیفی محصول می‌صشود .علائم ناشی از ‮‭ToMV‬ به نوع، رقم و سن گیاه میزبان، شرایط محیطی و نژاد ویروس بستگی دارد ‮‭ToMV‬ .در گوجه‌صفرنگی منجر به کاهش محصول، بدشکلی، تاخیر در رسیدگی و عدم یکنواختی رنگ میوه‌صها، موزاییک و پیسک می‌صشود .با توجه به نبود مواد شیمیایی برای کنترل بیماریهای ویروسی، استفاده از گیاهان مقاوم و تولید گیاهان تراریخته موفق‌صترین راه در کنترل این بیماریهای می‌صباشد .در همین راستا مطالعات مولکولی و همسانه‌صسازی بخشی از ژنوم ویروس موزاییک گوجه‌صفرنگی ‮‭(ToMV)‬می-تواند برای ترادف‌صیابی، فراهم آوردن مقدمات برای تولید گیاهان مقاوم مهندسی شده، بررسی تنوع ژنتیکی، ترسیم درخت فیلوژنتیک و نگهداری قطعه ژنومی جداسازی و همسانه سازی شده کاربرد داشته باشد .هدف از انجام این تحقیق همسانه‌صصسازی بخشی از ژنوم) منطقه‌صای از ژن پروتئین پوششی و انتهای ‮‭۳‬پیرو (جدایه‌صهای ردیابی شده ‮‭ToMV‬ از استان آذربایجان شرقی می‌صباشد .برای نیل به این هدف ابتدا محصول ‮‭PCR‬ بدست آمده با جفت آغازگر عمومی‮‭uni۲ -uni۱/Tob- Tob‬به پلاسمید ‮‭pTZ۵۷R/T‬ تهیه شده در این تحقیق و یا به پلاسمید‮‭T- Easy pGEM‬اتصال داده شد .سپس پلاسمید نوترکیب به باکتری ‮‭DH۵ Escherichia coli‬ترانسفورم گردید .باکتری‌صهای ترانسفورم شده بر روی محیط کشت ‮‭LB‬ حاوی آمپی سیلین، ‮‭IPTG‬ و‮‭Gal - X‬غربال صشدند .سپس کلنی‌صها سفید)احتمالا حاوی باکتری‌صصهای دارای پلاسمید نوترکیب (در محیط مایع ‮‭LB‬ حاوی آمپی صسیلین بصورت شبانه کشت صشدند و پلاسمید آنها به روش لیز آلکالینی استخراج صشد .پلاسمیدهای استخراج شده با آنزیم ‮‭EcoRI‬ یا ‮‭III Hind + EcoRI‬ دارای محل اثرها در دو طرف محل اتصال ‮‭DNA‬ خارجی در پلاسمید برش داده صشدند .پس از برش پلاسمید، الکتروفورز جهت تایید همسانه-سازی انجام گرفت و پلاسمیدهای نوترکیب برای تعیین توالی به شرکت ‮‭BIONEER‬ کره جنوبی فرستاده صشدند .در نهایت آنالیز داده‌صها برای ترسیم درخت فیلوژنتیکی بکار گرفته صشد .پس از ترسیم درخت فیلوژنتیک بر اساس فواصل ژنتیکی مشخص شد که جدایه‌صهای ردیابی شده ویروس موزاییک گوجه فرنگی از استان آذربایجان شرقی با جدایه‌صهایی که قبلا از ایران گزارش شده بودند، در یک خوشه قرار گرفتند که حاکی از ارتباط بین منطقه‌صی جغرافیایی و خصوصیات ژنتیکی این جدایه-های ویروسی بود .این اولین گزارش از ترادف‌صیابی و بررسی تنوع ژنتیکی بین جدایه‌صهای این ویروس از استان آذربایجان شرقی می‌صباشد

based phylogenetic tree. As a result ToMV isolates from East Azerbaijan province and previously reported ToMVs from other regions of Iran were assigned to a common cluster,showing that there might be a relationship between the geographical region and genetic propreties of these viral isolates. This paper is the first report of sequencing and evaluation of genetic diversity among isolates of this virus in the East Azerbaijan province- HindIII enzymes. Then Electrophoresis method was performed for confirming insertation of the fragments before sending the recombinant plasmids to Korean BIONEER company for sequencing. At the end we used data analysis for drawing a distance+Gal. Then white colonies were cultured in LB broth containing ampicilin, and their plasmids were extracted with alkaline lysis method. We extracted plasmids were cut with EcoRI or EcoRI -T Easy vectors. Then we transform recombinant plasmids in to Escherichia coli DH5 cells. The transformed bacteria were screened on LB culture medium containing ampicilin, IPTG and X-uni2), was ligated in to pTZ57R/T or pGEM-uni1/Tob-Tomato (Lycopersicon esculentum Mill) is an important economic crop all over the word. Cultivation of tomato is important in Iran and there has been an increasing trend towards production of tometoes in greenhouse over the past few years. Virus diseases are considered as one of the most important problems affecting tomato production in many countries. Some of the common viruses that infect tometoes include Potato virus Y (PVY), Tomato mosaic virus (ToMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Tomato spotted wilt virus (TSWV) and Arabis mosaic virus (ArMV). Tomato mosaic virus is a member of the genus Tobamovirus in the family Virgaviridae. This species is one of the important viruses on tomato that has spread over the world on vegetables and reduces the yield and deficiency of this crop. The symptom of ToMV depends on virus type, age of host plant, environment conditions and strain of virus. ToMV has product reduction, deformation, delay in fruit ripening, mosaic and mottling symptoms on tomato. There are not any chemical method for controling of viruses, therefore the use of naturally resistant plant and genetically engineered plants is a good way against viruses. Because of that, molcular studing and characterization of some parts of ToMV genome are prerequisite for producing resistant plants, study of genetic diversity and drawing of phylogenetic tree. In this study,characterization of a genomic part (coat protein sequencing and 3UTR) of ToMV isolates detected in East Azerbaijan was done. For this purpose PCR products obtained from the use of a couple primers (Tob

آرژه، لقمان

سخندان بشیر، نعمت، استاد راهنما

بهجت نیا، علی اکبر، استاد مشاور

سیاه و سفید

نمایه‌سازی قبلی