عنوان

بررسی تنوع در ژن کامل پروتئین پوششی جدایه‌صهای ویروس برگ‌ص‍ بادبزنی مو ‮‭(GFLV)‬ جمع‌صآوری شده از شمالغرب کشور

Number

‭۱۹۵۷پ‬

.Language of Text, Soundtrack etc

per

Title Proper

بررسی تنوع در ژن کامل پروتئین پوششی جدایه‌صهای ویروس برگ‌ص‍ بادبزنی مو ‮‭(GFLV)‬ جمع‌صآوری شده از شمالغرب کشور

First Statement of Responsibility

/علیرضا پاشائی

Name of Publisher, Distributor, etc.

تبریز :دانشگاه تبریز،دانشکده کشاورزی ،گیاه پزشکی

Specific Material Designation and Extent of Item

‮‭۱۱۰‬ص.‬

Other Physical Details

:مصور،جدول،نمودار‮‭۳۰‬*‮‭۲۹‬س.م- +لوح فشرده

Text of Note

چاپی

Text of Note

واژه‌نامه بصورت زیرنویس

Text of Note

کتابنامه ص.:‮‭۱۰۰-۱۰۵‬

Dissertation or thesis details and type of degree

کارشناسی ارشد

Discipline of degree

گیاه پزشکی

Date of degree

‮‭۱۳۸۷/۰۶/۲۵‬

Body granting the degree

تبریز :دانشگاه تبریز،دانشکده کشاورزی ،گیاه پزشکی

Text of Note

ویروس برگ بادبزنی مو ‮‭(GFLV)‬با کد ‮‭۰۰.۰۱۸.۰.۳.۰.۰۱۶‬ از جنس ‮‭Nepovirus‬ متعلق به خانواده ‮‭Comoviridae‬ می‌صباشد .پیکره‌صهای این ویروس ایزومتریک با قطری در حدود ‮‭۳۰‬ نانومتر‮‭(ICTVdb ۲۰۰۶)‬ ، قدیمی‌صترین ویروس شناخته شده در مو بوده که یکی از عوامل اصلی ایجاد خسارت در آن می‌صباشد .شناسایی ژن کامل رمز کننده پروتئین پوششی این ویروس از این نظر حائز اهمیت است که ردیابی آن توسط روشهای سرولوژیکی براساس پروتئین پوشش ویروس انجام می‌صگیرد .از طرفی انتقال ویروس توسط ناقل و ظهور علائم آن در گیاه به پوشش پروتئینی ویروس وابسته می‌صباشند .اگر چه در گذشته اطلاعاتی در مورد توالی پوشش پروتئینی جدایه‌صهای ایرانی ‮‭GFLV‬ و موقعیت فیلوژنتیکی آنها منتشر شده است ولی تکثیر ژن کامل رمز کننده پروتئین پوششی این ویروس به دلیل در دسترس نبودن آغازگرهایی که بر اساس توالی ژنومی جدایه‌صهای ایرانی طراحی شده باشند، میسر نبود .در نهایت این تحقیق برای رسیدن به دو هدف طراحی شد :اول، اینکه دی‌صان‌صای مکمل تعداد جدایه‌صهای بیشتری از این ویروس نسبت به قبل، با استفاده از آغازگرهای طراحی شده بر اساس توالی‌صهای ژنوم پروتئین پوششی جدایه‌صهای ایرانی تکثیر صشود و در مرحله بعد، با تکثیر دقیق‌صتر ناحیه ژن کامل رمز کننده پروتئین پوششی، بتوان جزئیات بیشتری را از بررسی درخت فیلوژنتیک در مورد وضعیت تکاملی و جایگاه جدایه‌صهای ایرانی این ویروس در بین سایر جدایه‌صهای گزارش شده به صدست آورده و در نهایت جهت بیان پروتئین پوششی ویروس به منظور تولید آنتی‌صبادی نوترکیب اقدام نمود .در مجموع از ‮‭۳۳۰‬ نمونه مشکوک به آلودگی با ‮‭GFLV‬ جمع‌صآوری شده از تاکستانهای شمالغرب کشور، در ‮‭۸۹‬ نمونه، آلودگی به ویروس با استفاده از آزمون ساندویچ الایزا با آنتی‌صبادی مضاعف چندصهمسانه‌صای مخصوص ‮‭GFLV‬ مثبت ارزیابی شد .استخراج آرصان‌صای کل، جهت تکثیر دی‌صان‌صای مکمل رشته اول طی واکنش نسخه برداری معکوس انجام و واکنش پی‌صسی‌صآر با استفاده از دو آغازگر اختصاصی‮‭۲۰۴۸ - GFLV‬و‮‭۳۵۵۹ - GFLV‬صورت گرفت .سپس محصولات آرصتی-پی‌صسی‌صآر به حامل پلاسمیدی ‮‭pTZ۵۷R/T‬ طی واکنش الحاق، متصل شدند .در نهایت پرگنه‌صصهایی از ‮‭۸‬ جدایه انتخاب و جهت تعیین توالی استخراج پلاسمید از آنها انجام گرفت .اطلاعات به دست آمده از زیر همچینی توالی‌صهای جدایه‌صهای ایرانی جدید با سایر جدایه‌صهای از پیش تعیین توالی شده و همچنین یک جدایه از ‮‭ArMV‬ با استفاده از نرم‌صافزار ‮‭GeneDoc‬ نشان داد که قطعه دی‌صان‌صای به طول ‮‭bp ۱۵۱۲‬ تکثیر شده از جدایه‌صهای جدید با توالی مربوطه در سایر جدایه های گزارش شده از ‮‭GFLV‬ مطابقت دارد .بررسی درخت فیلوژنتیک رسم شده با استفاده از نرم‌افزار ‮‭Treecon‬ نیز نشان داد که بین جدایه‌صهای ایرانی جدید و سایر جدایه‌صهای از پیش تعیین توالی شده اختلاف ژنتیکی وجود دارد و جدایه‌صهای جدید در یک شاخه مجزا از سایر جدایه‌صها قرار گرفتند .این یافته‌صها بار دیگر این فرضیه را تقویت می‌صکند که منشا ‮‭GFLV‬ ایران بوده و از آنجا به سایر نقاط جهان انتشار یافته است .

Text of Note

Grapevine fanleaf virus (GFLV), with decimal code 00.018.0.3.0.016, belongs to the genus Nepovirus in the family Comoviridae. The virus particles are isometric and about 30 nm in diameter (ICTVdb 2006). it is one of the oldest known viruses of grapevine and has been a major component of grapevine degeneration. Characterization of whole coat protein (CP) gene of viruses is important in terms of identifying a given virus. This is partly because serological characteristics of a virus are determined by its CP. In addition, virus transmissibility by vector and expression of virus symptom, as demonstrated in some cases, are linked to the CP. In regard to the GFLV isolates from Iran, although CP sequences of several GFLV isolates from Iran are determined and their phylogenetic positions are known, it has not been possible to amplify the whole CP simply because no primers based on local isolates were designed for amplification of the complete CP.The outcomes of the present study were the following: first a relatively larger number of grapevine samples gave amplification of the CP cDNA with a specific primer pair designed according to the genome of Iranian isolates. Second the amplification of the complete CP cDNA is good for more detailed phylogenetic analysis of new Iranian isolates and also for expression of the CP in order to prepare recombinant anti-GFLV antibody. Sampling was done in some vineyards in North-West of Iran. Then DAS-ELISA, with polyclonal antibody which was used to screen the collected samples for presence of GFLV, detected the virus in 89 of 330 samples. Total RNA was extracted from the infected leaves for the synthesise of full-length cDNA and PCR was done with a specific primer pair GFLV-2048 and GFLV-3559. Then RT-PCR products were ligated into pTZ57R/T vector. Plasmids from 8 isolates were subjected to sequencing. Then sequences data of the CP clones from GFLV isolates from Iran were aligned with those of previously reported GFLV and ArMV isolates by the use of GeneDoc showed that a fragment of 1512 bp was amplified from the new isolates, corresponding to the whole GFLV CP region. This provided further evidence that the Iranian isolates were GFLV. Phylogenetic trees were generated by the use of Treecon software. Phylogenetic analysis based on the nucleotide data of the CP showed that although a genetic diversity existed between the new isolates and previously reported Iranian isolates they formed a distinct cluster. Therefore, our study provides a further evidence to support the hypothesis that GFLV has originated from old Persia and might suggest that the other strains have evolved from GFLV in Iran.

Coat protein

DAS-ELISA

Sequence alignment

پاشائی، علیرضا

سخندان بشیر،نعمت، استاد راهنما

دولتی،حامد، استاد مشاور

Public note

سیاه و سفید

نمایه‌سازی قبلی