عنوان

شناسایی و آنالیز RNAهای غیر‌کدکننده‌ی بلند در جلبک سبز پرسلولی Volvox carteri

Number

پ۲۷۲۶۴

.Language of Text, Soundtrack etc

per

Title Proper

شناسایی و آنالیز RNAهای غیر‌کدکننده‌ی بلند در جلبک سبز پرسلولی Volvox carteri

First Statement of Responsibility

نگین دادرس

Name of Publisher, Distributor, etc.

علوم طبیعی

Date of Publication, Distribution, etc.

۱۴۰۰

Specific Material Designation and Extent of Item

۶۳ص.

Accompanying Material

سی دی

Dissertation or thesis details and type of degree

کارشناسی ارشد

Discipline of degree

زیست‌شناسی گرایش سلولی و مولکولی

Date of degree

۱۴۰۱/۰۷/۲۰

Text of Note

در دهه‌های اخیر، RNA‌‌ی غیرکدکننده‌ی بلند به عنوان یکی از عوامل موثر در تنظیم فعالیت‌های زیستی، مورد توجه گسترده قرار گرفته است. RNA‌‌ی غیرکدکننده‌ی بلند، ممکن است در فرآیندهای متعدد، از جمله نمو و بیماری‌ها، درگیر باشد ولی اطلاعات مربوط به مکانیسم‌های عملکردیشان محدود است. علی‌رغم حجم عظیم داده‌های علمی که نشان می‌دهد این RNAها در مجموعه‌ای از فرآیندهای سلولی و مولکولی دخیل می‌باشند، هنوز ابهامات زیادی در رابطه با آنها وجود دارد. به دلیل محدودیت توان عملیاتی روش‌های شناسایی تجربی موجود، نیاز به ابزارهای بیوانفورماتیکی سریع با دقت بالا، برای شناسایی RNA‌‌های غیرکدکننده‌ی بلند وجود دارد. هدف از پژوهش حاضر در مورد RNA‌‌های غیرکدکننده‌ی بلند، پیدا کردن RNAهای غیر‌کدکننده‌ی بلند در سلول‌های گونیدی و سوماتیک جلبک سبز پرسلولی Volvox carteri و شناسایی عملکرد وابسته به سلولی آنها می‌باشد. برای این منظور نتایج توالی‌یابی نسل بعد ‌سلول‌های گونیدی و سوماتیک Volvox carteri با استفاده از نرم‌افزارها و روش‌های مختلف مورد ارزیابی قرار گرفت، تا نقش آنها در تکامل و تخصص‌یافتگی این سلول‌ها مشخص شود. در این پژوهش، 1457 RNAی غیرکدکننده‌ی بلند شناسایی شد. بیان افتراقی ترنسکریپت‌ها، بین گروه‌های تیمار (UVB) و کنترل (WL) در سلول‌های گونیدی و سوماتیک بررسی، و تعداد 37 و 26 ترنسکریپت با بیان افتراقی معنی‌دار گزارش شد. آنالیز همبستگی بین ژن‌های غیرکدکننده‌ی بلند و کدکننده‌ی پروتئین همجوار، در بین تمام تکرارهای سلول‌های گونیدی و سوماتیک، انجام گرفت، و ژن‌های با همبستگی بیشتر از 95 درصد گزارش شد. 184 ژن با همبستگی مثبت و 13 ژن با همبستگی منفی، در سلول‌های گونیدی، و 174 ژن با همبستگی مثبت و 18 ژن با همبستگی منفی، در سلول‌های سوماتیک، گزارش شد. نتایج آنالیز عملکردی ژن‌های کدکننده‌ی همجوار، بر اساس ژن انتولوژی، به شرح زیر گزارش شد. در دسته‌ی فرآیندهای زیستی، در فرآیندهای متابولیکی مواد آلی، فرآیندهای متابولیکی اولیه، فرآیندهای بیوسنتزی، پاسخ سلولی به محرک، فرآیندهای متابولیکی مولکولی کوچک، پاسخ به استرس، فرآیندهای کاتابولیکی، نمو ساختارهای آناتومیکی، تنظیم کیفیت زیستی، تنظیم منفی فرآیندهای سلولی، نمو ارگانیسم پرسلولی، فرآیندهای متابولیک سلولی، فرآیندهای متابولیکی ترکیب نیتروژن، تنظیم فرآیندهای سلولی، ارتباط سلولی، هدایت سیگنال، تنظیم مثبت فرآیندهای سلولی، پاسخ‌های شیمیایی، انتقال غشایی و پاسخ به محرک‌های بیرونی، در دسته‌ی عملکرد مولکولی، در اتصال ترکیب حلقوی آلی، اتصال ترکیب هتروسیکلیک، اتصال یونی، اتصال مولکولی کوچک، فعالیت ترانسفرازی، اتصال پروتئین، اتصال مشتقات کربوهیدراتی، فعالیت هیدرولازی، فعالیت کاتالیتیکی و فعالیت اکسیدوردوکتازی، و در دسته‌ی اجزای سلولی، در ساختارهای آناتومیکی داخل‌سلولی، غشا، اندامک‌، سیتوپلاسم، اجزای اصلی غشا، پیرامون سلول، سیتوزول و سیستم غشای درونی گزارش شد.

Text of Note

In recent decades, long non-coding RNA has been widely considered as one of the effective factors in regulating biological activities. Long non-coding RNAs may be involved in a variety of processes, including development and disease, but information on their functional mechanisms is limited. Despite the vast amount of scientific data showing that these RNAs are involved in a set of cellular and molecular processes, there is still much ambiguity about them. Due to the limited operational power of existing experimental identification methods, there is a need for fast, high-precision bioinformatics tools to detect long non-coding RNAs. The present study on long non-coding RNAs was to identify long non-coding RNAs of gonidial and somatic cells in Volvox carteri and to identify their cell-dependent function. For this purpose, the sequencing results of the next generation of Volvox carteri’s gonidial and somatic cells were evaluated using different software and methods to determine their role in the development and specialization of these cells. In this study, 1457 long non-coding RNAs were identified. Differential expression of transcripts was examined between treatment (UVB) and control (WL) groups in gonidial and somatic cells, and 37 and 26 transcripts were reported with significant differential expression. Correlation analysis was performed between long non-coding genes and adjacent protein-coding genes among all gonidial and somatic cells, and genes with a correlation of more than 95% were reported. 184 genes with positive correlation and 13 genes with negative correlation were reported in gonidial cells, also 174 genes with positive correlation and 18 genes with negative correlation were reported in somatic cells. The results of functional analysis of neighboring coding genes, based on gene ontology, were reported as follows. In the category of biological processes, in organic substance metabolic process, cellular metabolic process, primary metabolic process, nitrogen compound metabolic process, biosynthetic process, regulation of cellular process, establishment of localization, cellular component organization, cellular response to stimulus, regulation of metabolic process, small molecule metabolic process, cell communication, response to stress, signal transduction, catabolic process, positive regulation of cellular process, anatomical structure development, response to chemical, regulation of biological quality, transmembrane transport, negative regulation of cellular process, response to external stimulus, multicellular organism development, in molecular function category, organic cyclic compound binding, heterocyclic compound binding, ion binding, small molecule binding, transferase activity, protein binding, carbohydrate derivative binding, hydrolase activity, catalytic activity, acting on a protein, oxidoreductase activity, and in cellular components, in intracellular anatomical structure, membrane, organelle, cytoplasm, intrinsic component of membrane, cell periphery, cytosol, endomembrane system were reported.

Variant Title

Identification and analysis of long non-coding RNAs in multicellular green alga Volvox carteri

Entry Element

دادرس،

Part of Name Other than Entry Element

نگین

Relator Code

تهيه کننده

Entry Element

رازقی،

Entry Element

حسن‌پور،

Part of Name Other than Entry Element

جعفر

Part of Name Other than Entry Element

کریم

Dates

استاد راهنما

Dates

استاد راهنما

Entry Element

‏تبریز