عنوان

شناسایی ژن های دخیل در ناشنوایی ارثی به روش توالی یابی نسل جدید در ۲۰ خانواده ایرانی

کد کشور

IR

شماره

۲۸۲۹پ

زبان متن نوشتاري يا گفتاري و مانند آن

فارسی

کشور محل نشر

IR

عنوان اصلي

شناسایی ژن های دخیل در ناشنوایی ارثی به روش توالی یابی نسل جدید در ۲۰ خانواده ایرانی

نام عام مواد

[پایان‌نامه]

عنوان اصلي به زبان ديگر

Identification of hereditary hearing loss genes by next generation sequencing (NGS) in 20 Iranian families

نام ناشر، پخش کننده و غيره

علوم بهزیستی و توانبخشی University of Social Welfare and Rehabilitation Sciences))

تاریخ نشرو بخش و غیره

، ۱۳۹۷

نام خاص و کميت اثر

ط،۱۸۵ص.

متن يادداشت

پیوست

متن يادداشت

چاپی

جزئيات پايان نامه و نوع درجه آن

دکترا

نظم درجات

ژنتیک پزشکیGenetics

زمان اعطا مدرک

۱۳۹۷/۱۲/۱۱

کسي که مدرک را اعطا کرده

علوم بهزیستی و توانبخشی University of Social Welfare and Rehabilitation Sciences))

متن يادداشت

مقدمه :عوامل ژنتیکی در نیمی از موارد اختلال شنوایی ارثی نقش دارد و حدود ۷۰ این موارد به صورت غیر سندرمی بروز پیدا می کند و فناوری توالی یابی نسل بعد (NGS) نقشی محوری در شناسایی این عوامل ایفا می کند .تاکنون جهش در بیش از ۱۱۰ ژن عامل ناشنوایی غیر سندرمی شناسایی شده که نزدیک به یک سوم آن ها از طریق این فناوری شناسایی شده اند .هدف از این مطالعه، شناسایی واریانت های عامل ناشنوایی ارثی با استفاده از توالی یابی اگزوم در ۲۰ خانواده ایرانی است که فاقد جهش در ژنGJB ۲ هستند .روش مطالعه :پس از اخذ رضایت نام‍ کتبی از ۲۴ خانواد مبتلا با حداقل دو فرد مبتلا به ناشنوایی ارثی غیر سندرمی، نمون‍ خون محیطی از افراد خانواده جمع آوری گردید .نمون‍ DNA فرد پروباند در خانواده های فاقد جهش در ژنGJB ۲( ۲۰ خانواده) به منظور توالی یابی اگزوم مورد استفاده قرار گرفته و با استفاده از کیت تجاری شورسلکت وی ۴Sureselect V ( ۴) از شرکت اجیلنت (Agilent) اگزون ها از سایر ژنوم جدا شده و سپس توسط دستگاه ایلومینا هایسک ۴۰۰۰ (Illumina Highseq ۴۰۰۰) توالی یابی شدند .آنالیز داده ها با استفاده از نرم افزارهایی از قبیلGATK ، BWA و Annovar انجام شده و تأیید واریانت های بیماریزای احتمالی با استفاده از تکنیک توالی یابی سنگر صورت گرفت .یافته ها :از ۲۰ خانواد مورد بررسی، عامل ناشنوایی در ۱۴ خانواده( ۷۰ کل خانواده ها ) شناسایی شد که از این میان، واریانت های شناسایی شده در ژن هایKCNQ ۴،ADGRV ۱،COCH ،MYO ۱۵A،LHFPL ۵،ALMS ۱ وMARVELD ۲ برای اولین بار در مطالعه حاضر شناسایی شدند و واریانت های شناسایی شده در ژن هایSLC ۲۶A۴، EDNRB و OTOF پیش تر گزارش شده بودند .در میان واریانت های شناسایی شده، ژن هایSLC ۲۶A۴وMYO ۱۵( Aهر کدام با سه واریانت شناسایی شده) بیشترین سهم از واریانت ها را به خود اختصاص دادند .نتیجه گیری :شناسایی بیشترین واریانت ها در ژن هایSLC ۲۶A۴وMYO ۱۵ Aسازگار با یافته های پیشین و نشان دهند سهم بالای جهش های این دو ژن( پس از ژنGJB ۲) در میان جمعیت ایرانی مبتلا به ARNSHL است .این مطالعه همچنین، نخستین گزارش از ناشنوایی مرتبط با جهش در دو ژنKCNQ ۴ و COCH در جمعیت ایرانی به شمار می رود که نشان دهند توانایی توالی یابی اگزوم در شناسایی واریانت های نادر است .کلمات کلیدی :ناشنوایی ارثی، غیر سندرمی، توالی یابی اگزوم، فناوری توالی یابی نسل بعد

متن يادداشت

Introduction Nearly 50 of the reported impairments are due to genetic factors and 70 of all inherited cases are non-syndromic (NSHL) and Next generation sequencing (NGS) is central to these genetic factors to be elucidated. To date, mutations in over 110 genes have been reported to cause nonsyndromic hearing loss (NSHL), nearly a third of which were discovered via NGS technologies. The aim of this study is to identify the pathogenic variants by WES in 20 GJB2-negative Iranian families. Methods: The written informed consent was obtained from 24families having at least two affected individuals with NSHL and peripheral blood sample was taken from all family members. DNA samples from the proband in GJB2-negative families (20 families) were subjected to WES. Exon sequences were isolated according to the SureSelectXT Target Enrichment System for Illumina (Version B2, April 2015) using the Agilent SureSelectXT Library Preparation Kit. The captured exons underwent sequencing using the Illumina HiSeq 4000 system (Illumina, Inc., San Diego, CA, USA). WES data analysis was performed using GATK, BWA and Annovar. Likely pathogenic variants in each family were further confirmed by Sanger sequencing and segregation analysis. Results: Of the 20 families engaged in this study, causal factors in 14 families (accounting for 70 of all families) were identified, including novel variants in KCNQ4, ADGRV1, COCH, MYO15A, LHFPL5, ALMS1 and MARVELD genes, as well as known variants detected in SLC26A4, EDNRB and OTOF genes. Among the causative variants which were identified, SLC26A4 and MYO15A genes (each with three variants) were found to be the major contributors. Conclusions: Most of the variants being identified in SLC26A4 and MYO15A genes, is consistent with the previous findings of a high prevalence of mutations in both genes and their significant contribution to ARNSHL among the Iranian population. This study is the first to report KCNQ4 and COCH related hearing loss in the Iranian population and the second study, globally, to report hearing impairment due to biallelic inactivation of the COCH gene. Keywords: Hereditary hearing loss, non-syndromic, WES, NGS

خط فهرستنویسی و خط اصلی شناسه

ba

عنوان اصلي به زبان ديگر

Identification of hereditary hearing loss genes by next generation sequencing (NGS) in 20 Iranian families

موضوع مستند نشده

Hereditary hearing loss

متن عنصر شناسه ای مقوله موضوعی

ناشنوایی ارثی

متن عنصر شناسه ای مقوله موضوعی

Hereditary hearing loss

مستند نام اشخاص تاييد نشده

مهرگان، هدی

مستند نام اشخاص تاييد نشده

Mehregan,Hoda

مستند نام اشخاص تاييد نشده

نجم‌آبادی، حسین

مستند نام اشخاص تاييد نشده

کهریزی، کیمیا

کشور

ایران

سازمان

دانشگاه علوم توان بخشی و سلامت اجتماعی

نام ميزبان

2829t.pdf

شماره دسترسي

محرمانه

اطلاعات مختصر

محرمانه

تاريخ و ساعت مذاکره و دسترسي

2829t.pdf

بيت در ثانيه

6986302

ارتباط براي تسهيلات دسترسي

مرجع

نوع فرمت الکترونيکي

متن

اندازه فايل

0

شماره کنترل رکورد

۹۲۸۲پ

شماره فيلد فرمت مبدا

محل نگهداری: دانشگاه علوم بهزیستی و توانبخشی

وضعیت فهرست نویسی

نمایه‌سازی قبلی

فرمت انتشار

چاپی-الکترونیکی

نوع ماده

TF

پیشوند ISBD اعمال شده است

1

سطح دسترسي

a

تكميل شده

Y