كتابخـانه پژوهشگاه دانشهای بنیادی به عنوان یکی از غنی ‌ترین کتابخـانه‌های تخصصی- پژوهشی دارای منابع مرتبط با حوزه­های موضوعی ریاضیات، فیزیک، کامپیوتر، ذرات، علوم نانو، علوم شناختی، زیستی و نجوم فعالیت می کند، که با توجه به رسالت، اهداف و مأموریت پژوهشگاه به منظور ارائه خدمات به اعضای هیئت علمی، پژوهشگران و دانشجویان پژوهشگاه و سایر مؤسسات آموزشی/پژوهشی و دانشگاه­ها ایجاد شده است.

کتابخانه هم­زمان با تأسیس پژوهشگاه در سال 1368 ایجاد شده و در سال 1370 رسماً فعالیت خود را آغاز نموده است. هم اکنون این بخش شامل کتابخانه مرکزی واقع در ساختمان اختیاریه و کتابخانه شاخه فیزیک واقع در ساختمان فرمانیه می باشد.

کتابخانه همواره سعی داشته به عنوان مهم ترین منبع اطلاعاتی و پژوهشی جامعه خود مجموعه ای متوازن و سازمان یافته ـ در رشته های مرتبط و هماهنگ با اهداف و برنامه های پژوهشی پژوهشگاه ـ فراهم آورد.